一、概念不同
商标撤销，是指原本具有法律效力的注册商标因为使用不当或者超过使用期限，使商标权丧失了继续受保护的基础，由商标主管机构作出取消该商标注册的决定。
商标无效，是指商标在注册的过程中因违反商标法有关的禁止性规定或用欺骗和其他不正当手段获得商标的，由商标主管机构宣告商标权自始不具有法律效力。
二、事由不同
撤销注册商标的事由一般包括：（一）商标权人在使用注册商标的过程中，自行改变注册商标、注册人名义、地址或者其他注册事项；（二）注册商标成为其核定使用的商品的通用名称；（三）没有正当理由连续三年不使用；（四）自行转让注册商标；（五）使用注册商标，其商品粗制滥造、以次充好，欺骗消费者；（六）注册商标专用权同其他在先取得的权利或合法权益相冲突等。
商标被宣告无效的事由一般包括：（一）商标中含有不得作为商标使用的标志、形状，比如使用《商标法》第10条明确禁止使用标志的商标，使用《商标法》第11条明确禁止作为商标注册标志的商标，使用《商标法》第12条明确禁止注册形状的商标；（二）通过欺骗手段或者其他不正当手段获取商标注册；（三）侵犯他人在先申请注册的商标权，或者与他人在先取得的著作权、外观设计专利权等合法权益相冲突；（四）侵犯驰名商标权，即《商标法》第13条明确规定不予注册并禁止使用的行为；（五）代理人或者代表人擅自以自己名义注册被代理人或者被代表人商标，即《商标法》第15条明确规不予注册并禁止使用的行为；（六）不当使用地理标志并使公众误认为其是商品的来源地，即《商标法》第16条明确规不予注册并禁止使用的行为；（七）损害他人现有的在先权利，或以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标，即《商标法》第32条明确规不予注册该商标的行为等。
三、时限不同
有撤销注册商标的事由发生即可申请撤销商标权，因撤销注册商标的事由发生具有不确定性，所以申请撤销商标权无法设定时限。
申请宣告商标权无效的时限分为两种情形：
（一）没有时间限制的情形。
已经注册的商标，违反本法第10条、第11条、第12条规定的，或者是以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册，商标局依法宣告该注册商标无效或者其他单位或者个人请求商标评审委员会宣告该注册商标无效的不受时间限制；对于恶意侵犯驰名商标权获得注册的商标，驰名商标所有人申请宣告该商标无效也不受时间的限制。前者是保护社会公共利益的需要，后者体现了对驰名商标的特殊保护和对恶意注册行为的严惩。
（二）受五年时间限制的情形。
根据《商标法》第45条的规定，已经注册的商标，违反本法第13条第（2）款和第（3）款、第15条、第16条第（1）款、第30条、第31条、第32条规定的，自商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。这是由于给予在先权利法律保护的同时必须考虑社会关系及市场秩序的稳定性等综合因素。侵犯在先权利的商标经过长期使用，已经建立了市场信誉，如果宣告该商标无效，会破坏现存的经济关系。因此，在先权利人或者利害关系人的无效宣告请求权须在一定期限内行使。
四、法律后果不同
撤销注册商标的事由发生在商标权取得之后，被撤销的注册商标，由商标局予以公告，该注册商标专用权自商标局的撤销决定作出之日起终止。
宣告商标无效的事由存在于商标权取得之时，宣告无效的注册商标，由商标局予以公告，该注册商标专用权视为自始即不存在。宣告注册商标无效的决定或者裁定，对宣告无效前人民法院做出并已执行的商标侵权案件的判决、裁定、调解书和工商行政管理部门做出并已执行的商标侵权案件的处理决定以及已经履行的商标转让或者使用许可合同不具有追溯力。但是，因商标注册人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。
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